Tutorial
SimFluVar is freely available from the PRODUCT in SimFluVar homepage. You may download the compressed SimFluVar files for your operating systems. Detailed installation method for each operating system is as follows.
More Detail
4. 결과 확인 그림1. 입력화일 출력 윈도우
그림2. Counting Matrix 출력화면
그림3. Counting Matrx의 Heat map 출력화면
그림4. Color map 설정화면
그림5. Heat map 그림화일 저장화면
그림6. GC(%)함량 패턴 출력화면
그림7. GC(%) 함량 그래프 출력화면
그림8. Project 정보 출력화면
그림9. 프로젝트 구동과 관련된 입출력 화일정보
그림10. Transition Matrix (TM) 계산결과 화면
그림11. Transition Matrix 결과 가시화 화면
4.1. 입력 파일 출력 윈도우
새로운 프로젝트를 생성하고 나면 왼쪽 프로젝트 트리에 입력 파일과, 출력 파일들을 나타내는 노드가 생성되는데, 그 중에서 Input Data 폴더는 입력 파일을 저장하고 있다. DNA 모양의 아이콘을 더블 클릭하면 다음과 같이 입력 서열을 보여주는 윈도우가 나타난다.
4.2. Counting matrix
Output Data 폴더 있는 5가지 폴더 중 Count폴더는 Counting matrix 데이터를 출력 한다. 이 폴더를 더블 클릭하면 아래와 같은 화면이 출력되는데, 여기서 각 행에 개수된 코돈들은 초기 연도군에 속하는 코돈들이고, 각 열에 나타낸 것들은 최종 연도군에 속하는 것이다.
Counting Matrix창은 크게 2개의 탭으로 구성되어 있는데, Counting matrix 테이블을 테이블 형태로 출력하는 탭과, Heat map 형태의 그래프로 출력하는 탭이 이에 해당한다. Heat map 탭을 선택하면 아래와 같이 출력된다.
위의 Heat map view는 matrix 형태의 데이터를 그래프 형태로 출력하며, 오른쪽에 위치한 컨트롤 박스를 활용하면 Heat map의 행태와 색깔 등을 변경할 수 있다.
Heat map scale 기능을 사용하면 Heat map을 크게 확대하거나 축소할 수 있는데, 값이 증가하면 커지고, 작아지면 이미지가 축소된다. 적당한 값을 선택하고 난 후에는 Redraw 버튼을 클릭하여 적용시키도록 한다.
Out line Color는 Heat map view안에 있는 작은 사각형 블록의 외각 라인의 색을 지정하는데, Hight, Middle, Low color는 Heat map matrix안의 색을 나타내는 방식을 결정한다. 기본적으로 Heat map 안의 색깔은 Hight에서 Middle, Low로 진행하면서 결정되는데, 이 값은 오른쪽의 Color 버튼을 누르고 색깔을 변경해 주면 된다. 변경 후에는 Redraw 버튼을 클릭하여 적용시키도록 한다.
Color scale은 색 분포의 스케일을 설정한다. 이 값이 0에 가까울수록 각각의 블록간 색의 구분이 명확해 지므로, 블록들 사이의 미세한 차이를 보고자 할 경우에는 이 값을 낮추면 효과가 있다. Color scale은 0에서 1사이의 값을 설정할 수 있으며, 범위를 벗어난 값은 지원하지 않는다. 원하는 스케일을 선택한 후에는 Redraw 버튼을 클릭하여 적용시키도록 한다.
Gradient는 선호도가 높은 Hight, Middle, Low 값의 조성을 미리 그룹으로 묶어놓은 것으로 원하는 조성을 선택한 후 Redraw버튼을 클릭하여 적용시키도록 한다. Color map 버튼을 누르면 아래와 같은 다이얼로그 박스가 나타난다.
Color map 창 중 Color 항목은 출력되는 블록의 색을 나타내며, color key는 Color의 RGB 값, Count는 현재 Color에 매치된 값의 개수를, 그리고 Values는 해당 셀의 실제 값을 나타낸다.
Color map 창에서는 지정된 Color 색을 다른 값으로 변경할 수 있는데, 즉 위 Color 컬럼에 있는 색상 박스를 더블 클릭하면 색을 선택할 수 있는 다이얼로그 박스가 출력됩니다. 이 박스에서 색을 지정하면 선택된 색이 지정된 색으로 변경되고 Heat map에서도 변경된 색으로 출력된다. Color map 버튼의 오른쪽에 있는 Clear 버튼을 클릭하면 임의로 설정한 색을 모두 취소할 수 있다.
마지막으로 Save heat map 버튼은 현재 화면상으로 출력된 heat mat matrix 화면을 특정 그림 파일로 변경하여 저장할 수 있는 기능이다. 이 버튼을 클릭하면 아래와 같은 다이얼로그 박스가 나타난다.
4.3. GC Pattern matrix
GC Pattern을 선택하면 아래와 같은 뷰가 출력된다. GCPattern은 각 코돈의 wobble codon position 에서의 염기조성의 변화를 계산하여 개개의 코돈에 의해서 암호화되는 아미노산별로 나타낸 것이다. 모든 값들은 전체 염기에 대한 백분율(%)로 표시되어 있으며, 제시된 백분율에 대한 개수된 데이터는 백분율 뒷부분에 추가로 제공합니다. 또한 하단에 있는 ‘Target file summary’는 초기 연도군을 기준으로 변화된 염기조성값을 아미노산별로 나누지 않고 전체적으로 계산한 값으로 연구자는 원하는 종류의 결과값을 취해서 사용하면 된다.
GC Pattern view은 GCPattern matrix을 테이블로 출력하는 뷰와 Chart로 출력하는 뷰로 나뉘어 지며, 위 화면은 테이블로 출력한 예이다. GC Pattern Graph탭을 선택하면 아래와 같은 화면이 출력되어 전반적인 GC(%) 조성을 한 눈에 파악할 수 있다.
4.4. Project Info
Project Info view는 프로젝트에 대한 정보를 출력하며, Project info 노드를 더블 클릭하면 아래와 같은 뷰가 출력된다.
4.5. Summary
Summary 노드를 출력하면 Summary 뷰가 아래와 같이 출력된다. Summary View는 SimFluVar의 결과를 전체적으로 출력한다.
4.6. TM Matrix view
TM 노드를 더블 클릭하면 아래와 같이 Transition Matrix (TM) view 가 출력됩니다. TM은 이전에 개수된 Counting Matrix내 변이값들을 마코프 모델의 변이 매트릭스 (Transition matrix) 형태로 변환시킨 것으로, matrix의 행과 열의 기준은 Counting matrix에서와 동일하다. 이 transition matrix에 출력된 값들은 이후 SimFlu 프로그램을 이용한 전산모사 과정에서 사용자 파라미터로 사용될 수 있다.
TM view도 Count matrix view와 같이 matrix를 테이블 형태로 출력하는 뷰와 Heat map 형태로 출력하는 뷰로 구성되어 있다. Heat map 탭을 선택하면 아래와 같이 출력되며, 기본적인 사용법은 Count matrix view에 설명되어 있는 Heat map 뷰 사용법과 동일하다.
