SimFluVar Simulation tool for influenza virus variation

1. 프로그램 소개
SimFluVar 프로그램은 SimFlu (Simulation tool for influenza virus)의 시리즈 프로그램으로서, 실제 실험에 의해서 밝혀진 인플루엔자 바이러스의 유전체 정보로부터 연도별 변이패턴을 추출하여 61 x 61 형식의 변이 파라미터를 계산한다. 이 프로그램의 결과물은 발생 연도별로 분류된 인플루엔자 A 바이러스군들에 대해서 시간의 흐름에 따른 코돈 수준에서의 변이패턴을 계산하고, 이와 더불어서 각각의 코돈 내에서의 Wobble base position내 염기조성의 변화에 대한 분석값도 제공한다. Read More

2. 설치
설치는 간단히 배포된 설치프로그램을 실행하여 질문에 따라 답하시면 자동으로 설치된다. 먼저 설치하고자 하시는 컴퓨터에 Java Runtime Environment(JRE)가 설치되어 있는지 확인해 보고, 만약 설치되어 있지 않다면 JAVA 배포페이지를 방문하여 최신의 JRE를 설치하도록 한다(http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html). 이 후에 개인컴퓨터에 다운로드 하기 위해 Product에서 자신의 컴퓨터 사양에 알맞는 SimFluVar2013_xxxx.setup.exe 를 더블 클릭하여 순서에 따라 설치에 대한 정보를 입력하고 다음화면으로 넘어가면 최종적으로 설치가 완료된다. Read More

3. 프로젝트 생성과 실행
프로젝트 위저드 실행은 메뉴의 Project-Create Project를 선택하면 아래와 같은 프로젝트 생성 위저드가 실행된다. 폼에서 프로젝트 이름, 작성자, 설명을 넣고 Next 버튼을 누르면 아래와 같이 출력되는데, 이 때 프로젝트명 사이에 공백이 있거나 작성자, 설명란이 공백으로 비어 있으면 최종 단계에서 프로젝트 생성이 더 이상 진행되지 않으므로 반드시 해당 정보를 입력하도록 주의한다. Read More

4. 결과 확인
새로운 프로젝트를 생성하고 나면 왼쪽 프로젝트 트리에 입력 파일과, 출력 파일들을 나타내는 노드가 생성되는데, 그 중에서 Input Data 폴더는 입력 파일을 저장하고 있다. DNA 모양의 아이콘을 더블 클릭하면 다음과 같이 입력 서열을 보여주는 윈도우가 나타난다. 이후, Output Data 폴더 있는 5가지 폴더 중 Count폴더는 Counting matrix 데이터를 출력 한다. 이 폴더를 더블 클릭하면 아래와 같은 화면이 출력되는데, 여기서 각 행에 개수된 코돈들은 초기 연도군에 속하는 코돈들이고, 각 열에 나타낸 것들은 최종 연도군에 속하는 것이다. Read More

5. ClustalW Convert Tool
SimFluVar 프로그램 안에는 ClustalW의 결과 파일을 자신의 입력 파일로 변환하는 convert tool을 가지고 있다. 메뉴에서 Tool-ClustalW to SimFluvar 메뉴을 선택하면 아래와 같은 윈도우가 열린다. 여기서 search 버튼을 눌러서 ClustalW의 출력 파일 있는 폴더를 선택하면 아래와 같이 ClustalW에서 생성된 모든 출력 파일을 출력한다. 여기서 자신이 필요한 파일을 선택하고 확인 버튼을 누르면 현재 선택된 파일이 SimFluVar의 입력 파일로 변환한다. Read More

6. 프로젝트 저장/읽기
SimFluVar 프로그램에서 프로젝트 트리에서 상위의 프로젝트 명을 클릭하고 File-Save Project 메뉴를 선택하면 현재 선택된 프로젝트를 지정된 파일로 저장할 수 있으며, 파일은 *.svf 형태로 저장된다. 이 파일은 File-Load Project 메뉴를 선택하면 다시 프로젝트 형식으로 읽어올 수 있다. Read More